Univerzita Karlova se zaměřuje na financování projektů díky Fondu pro podporu strategických partnerství. Dlouhodobými strategickými partnery jsou: Macquarie University, University odf St Andrews, University of Zurich; od roku 2026 pak také taiwanské univerzity National Chengchi University a National Taiwan University.
Univerzita Karlova se zaměřuje také na společně financované projekty, například v rámci středoevropské sítě CENTRAL a společného počátečního financování s Univerzitou St Andrews, stejně tak na užší spolupráci s University of Sussex. Cílem těchto aktivit je posílit přeshraniční spolupráci ve výzkumu, umožnit společné projekty, publikace a akce, vytvořit nové výzkumné týmy, podporovat začínající vědce a vytvořit prostředí příznivé pro akademickou kariéru.
